1.Cơ cấu theo ngành
Cơ cấu ngành công nghiệp ở Thành phố Hồ Chí Minh tương đối đa dạng, bao gồm các nhóm ngành: khai khoáng; công nghiệp chế biến, chế tạo; sản xuất và phân phối điện, khí đốt, nước nóng, hơi nước và điều hoà không khí; cung cấp nước, hoạt động quản lí và xử lí nước thải, rác thải.

Cơ cấu công nghiệp theo ngành ở Thành phố Hồ Chí Minh đang có sự chuyển dịch theo hướng giảm tỉ trọng trong ngành công nghiệp khai thác, tăng tỉ trọng trong ngành công nghiệp chế biến và sản xuất phân phối điện, khí đốt, nước.
2.Cơ cấu theo thành phần kinh tế
Trong những năm gần đây, các thành phần kinh tế tham gia vào hoạt động công nghiệp đã được mở rộng và có xu hướng chuyển dịch chung là giảm tỉ trọng khu vực nhà nước, tăng tỉ trọng khu vực ngoài nhà nước và đặc biệt tỉ trọng khu vực có vốn đầu tư nước ngoài tăng nhanh.

3.Cơ cấu theo lãnh thổ
Năm 2019, Thành phố Hồ Chí Minh có hơn 435 147 doanh nghiệp đang hoạt động trong lĩnh vực công nghiệp. Trong đó, ngành khai khoáng có 248 doanh nghiệp; công nghiệp chế biến, chế tạo có 434 720 doanh nghiệp và trong sản xuất và phân phối điện, khí đốt, nước có 179 doanh nghiệp. Tuy nhiên, hoạt động công nghiệp tập trung không đều trên địa bàn Thành phố, tập trung chủ yếu ở các quận, huyện ngoại thành: Bình Chánh, Củ Chi, Hóc Môn, thành phố Thủ Đức, Quận 7, …
